Kedamaian kembali didapatkan oleh umat manusia setelah berhasil menaklukkan Gate.
Kemampuan kuat para Esper telah menjadi pedang bermata dua bagi umat manusia, menyebabkan mereka jatuh ke dalam masalah.
Kesempatan baru muncul dengan sendirinya untuk Esper "No. 00 Michael" yang akan segera disingkirkan.

Adam, seorang veteran tentara yang selalu bermasalah dengan hubungan antara guide dan juga esper.
Ketika cedera kaki memaksanya untuk pensiun, Adam memutuskan untuk memberikan kesempatan kedua kepada Michael, pria yang menyebabkan cedera tersebut.
Sebagai imbalan atas kehidupan di mana ia dapat berasimilasi dengan ras manusia dan hidup seperti orang normal, Adam memberi Michael nama baru yaitu Eve. Setelah selalu berjuang untuk hidup dan berada di garis terdepan, mereka memulai perjalanan mereka untuk hidup normal di tengah-tengah umat manusia.